Cifrar
Para cifrar un archivo:
gpg -c archivo.*
Pedirá una contraseña (frase) para cifrarlo (si pierdes la frase o contraseña ya no vas a poder recupear tu información).
El comando anterior generará un archivo binario gpg. Si prefieres que se cifre en modo texto y no en un binario:
gpg -ca archivo
Esto nos generara un archivo sac que vas a poder abrir con cualquier editor de texto, pero sólo se verán un montón de caracteres sin sentido aparente.
Si quieres que el archivo cifrado tenga otro nombre:
gpg -o archivo_cifrado.gpg -c archivo_a_cifrar
Si quiren proteger una carpeta que contiene muchos archivos y subcarpetas, lo ideal es comprimir todo en un .TAR.GZ y luego proteger ese archivo con GPG.
Desencriptar
Para desencriptarlo bastaría con:
gpg -d archivo.gpg
Pedirá la contraseña (frase) especificada al cifrarlo
GPG suele venir instalado por defecto en casi todas las distros populares. Caso contrario, es más que seguro que estará disponible en sus repositorios.